Массивный Спасо-Преображенский собор (XVI-XIX вв.) - центральное сооружение монастыря. В течение всего времени своего существования он неоднократно перестраивался и расширялся.

Собор увенчан пятиглавием; широкие барабаны храма - световые, с узкими высокими окнами-прорезями, маленькие - венчают два храмовых придела. С востока к собору примыкают глубокие алтарные апсиды с гладкими стенами и глубокими нишами окон без наличников.

При реставрации собора в южном приделе были обнаружены и под руководством А.П.Некрасова частично расчищены фрески XVI века, изображавшие главным образом житие игумена Евфимия. Росписи конца XVII века выполнены костромскими мастерами Гурием Никитиным и Силой Савиным.

С восточной стороны Спасо-Преображенского собора находился мавзолей над могилами князей Пожарских. Здесь в 1642г. был похоронен князь Дмитрий Пожарский, герой борьбы с польско-литовскими войсками. В 1933г. усыпальница была разобрана, часть плит каррарского мрамора отправилась в Москву. Практически все иконы и прочее внутреннее убранство было утрачено. Только в 1974г. на этом месте была поставлена плоская плита с барельефом Д.М.Пожарского.