На месте деревянного храма в 1766 года попечением костромского купца Стефана Семёновича Белова была выстроена каменная церковь с колокольней - Церковь Спаса в Гостином дворе.
Впервые храм упоминается в писцовой книге по Костроме 1628 года: "а церковь была Всемилостивого Спаса Происхождение честных дерев Животворящего Креста".

В 1794 году костромской зодчий Степан Андреевич Воротилов по собственному проекту построил портик, обращенный к Волге, с большой колокольней над аркой. В восьмидесятые годы XIX века мастера из посада Большие Соли Костромского уезда выполнили росписи в храме.

Церковный историк Иван Баженов указывал, что храм имел два престола: во имя Всемилостивого Спаса и в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Достопримечательность Спасской церкви - образ Происхождения честных древ Животворящего Креста Господня древнего письма, находившийся в местном ряду иконостаса, и икона святых мучеников Гурия, Самона и Авива.

В двадцатые годы ХХ века храм становится центром атеистической пропаганды: здесь расположился антирелигиозный музей города Костромы.

В 1931 году по указанию сектора науки Костромского управления культуры колокольня и пять церковных куполов были уничтожены. В 1974 году храм как памятник архитектуры включили в план реставрационных работ, завершившихся полностью в начале восьмидесятых годов. Кресты на храме заменили спицами: храм использовался как часть торгового комплекса Красных рядов. В конце восьмидесятых годов помещение церкви передано под выставочные залы Костромскому историко-архитектурному музею-заповеднику.

К сожалению, несмотря на неоднократные обращения священноначалия Костромской епархии к государственным властям, вопрос о возвращении храма Спаса в рядах Церкви до сих пор не решен. В 1992 году по инициативе Костромской епархии на колокольне храма были вновь установлены колокола. С этого времени ежедневно в полдень над центральной частью Костромы звучит колокольный звон.