С XIII в. в связи с образованием нового княжества Спасский монастырь XII в. являлся усыпальницей династии ярославских князей.

Древнейшее здание в монастыре и во всем Ярославле - Спасо-Преображенский собор (1506-1516). Северная паперть собора была в свое время монастырским книгохранилищем. Здесь в конце XVIII в. обнаружена знаменитая рукопись "Слово о полку Игореве".

Облик храма строг и изящен. Поставленное на высокий подклет его здание четырехстолпное, трехглавое, с открытыми галереями.

В архитектурном оформлении фасадов сочетаются два стиля: древнерусские формы с элементами западноевропейской ордерной системы. Формы барабанов схожи с главами владимирских и новгородских храмов ХИ-ХШ вв. Они выполнены с узкими окнами и шлемовидными куполами. А тонкие профили закомар и карнизов храма напоминают Архангельский собор, возведенный в Москве итальянским зодчим Алевизом Новым.

Особого внимания в интерьере Спасского собора заслуживают фрески, написанные московскими мастерами в 1563-1564 гг. Росписи этого времени очень редки. На западной стене размещены сюжеты Страшного суда, где фреску "Шествие праведных в рай" отличает легкий рисунок округлых лиц. Роспись южной и северной стен состоит из трех ярусов. В верхних расположены библейские и евангельские сюжеты, в нижнем ярусе - семь Вселенских соборов. Пейзажные фоны представляют настоящую коллекцию древнерусских архитектурных форм: звонницы, одноглавые храмы с восьмискатными кровлями, многоглавые соборы, украшенные раковинами или круглыми окнами.

В апсиде изображен Иоанн Предтеча с суровым, изможденным лицом, а также сидящая на троне Богоматерь с Младенцем в окружении пророков со свитками пророчеств о рождении Христа. Одна из самых значительных композиций храма - "Преображение" - расположена на восточной стене. В уникальном иконостасе собора сохранились тринадцать икон деисусного ряда XVI в. (ныне находятся в музее).

Над постройками монастыря доминирует звонница - крупное монументальное сооружение XVI в. Ее облик складывался на протяжении нескольких столетий. В нижнем ярусе была церковь, где сохранились фрагменты росписей, а к северной стене примыкала галерея, соединявшая звонницу с собором и церковью Входа в Иерусалим. Она была пристроена в 1617-1619 гг. к собору и частично сохранилась до наших времен. Существующее завершение звонницы в псевдоготическом стиле появилось в 1809-1823 гг. Туда ведет весьма крутая лестница из многих ступеней, зато открывающийся на город вид стоит потраченных усилий.