Анастасиин монастырь был основан в XV веке первой женой Ивана Грозного Анастасией Романовной и впоследствии вошел в состав Богоявленского Анастасиина женского монастыря. Ранее обители существовали отдельно: Богоявленский мужской монастырь, Крестовоздвиженский и Анастасиинский женские монастыри. Основателем первого считается ученик и сподвижник Сергия Радонежского, старец Никита. Первоначально все постройки обители были деревянными. Богоявленский 1559 года собор стал первой каменной постройка.

Анастасиин монастырь был восстановлен на прежнем своем месте через десять лет под названием Крестовоздвиженского Анастасиина. При монастыре находились училище для девиц духовного звания, живописная, золотошвейная мастерские, богадельня для престарелых монахинь и больница для престарелых лиц духовного звания. Ныне монастырь является действующим.

Долгое время восстанавливали Богоявленский монастырь. Строительство шло на средства, присланные матерью Михаила Федоровича Романова, боярами Салтыковыми, московскими патриархами.

Росписью Богоявленского собора занялись в 1667 году мастера Гурий Никитин и Сила Савин, но, к сожалению, древние фрески не сохранились.. После пожара в 1847 г. мужской монастырь был упразднен и передан в ведение женского Крестовоздвиженского.

С этого времени открывается новая страница в истории монастыря. Облик храма сильно изменился. В разные годы были возведены многочисленные корпуса. Далеко не случайно был выстроен больничный. Основной деятельностью, принесшей женскому монастырю славу всей России, стала организация народных лечебниц. Во время русско-турецкой войны 1877?1878 годов, в первую империалистическую, община сестер милосердия оказывала помощь больным и раненым русским воинам. А в 1904 году во время русско-японской войны отряд воспитанниц монастыря был отправлен на Дальний Восток. Корпус был хорошо оборудован. Воспитанницы монастырского училища обучались теоретически и практически обязанностям сестер милосердия. Долгие годы Богоявленско-Анастасиин монастырь использовался не по назначению, разграблена церковная утварь, в пожарах погибли произведения древнерусского искусства.

В Костромском Богоявленско-Анастасиин кафедральном соборе находится Костромская чудотворная икона Божией Матери Феодоровская - главная святыня Костромы и Костромского края. На оборотной стороне иконы изображена Параскева Пятница. Киот выполнен в XVIII века, лицевая сторона образа закрыта ризой.

По сей день костромичи пытаются восстановить былой облик храма: новый иконостас для собора режут украинские мастера, иконы собраны из различных храмов Костромы и из собрания архиепископа Александра.