В 1511 году Васко да Гама, в то время адмирал, проплывая в том районе, обозначил как Адмиральские будущие Амирантские острова, а португальские картографы впервые нанесли на свои компасные карты большой остров Илья Ганаа, ныне остров Маэ. Сохранились свидетельства более раннего их посещения арабскими мореплавателями (могилы 9-10 вв. на о. Силуэт, наскальные надписи на о. Фригит (Фрегат). В то время архипелаг был необитаем. В течение следующих более чем двух столетий Сейшельские острова были лишь пристанищем для пиратов.

Первыми из европейцев на архипелаг высадились англичане: в 1609 его подробно обследовала и описала экспедиция капитана А. Шарпея. Первые постоянные поселения на островах Маэ и Праслен основали французы, которые с 1756 года стали создавать там плантации корицы, гвоздики и ванили. Именно тогда острова получили название по имени министра финансов Франции — Моро де Сешелля.

Французские колонисты завозили на Сейшельские острова рабов с Мадагаскара и из Восточной Африки. В 1794 году архипелаг захватила Британия, которая с середины 19-го века (после отмены в 1835 году рабства) стала поощрять иммиграцию на острова индийцев, занимавшихся торговлей или работавших на кокосовых плантациях. В 1814 году, согласно Парижскому договору, Сейшельские острова официально стали британскими владениями.

В 1840 году острова были административно присоединены к британской колонии Маврикий, откуда на них стали переселяться китайцы. В 1903 Сейшелы были выделены в отдельную коронную колонию Британии. В это же время на островах появились переселенцы из Аравии.

В 1965 году Англия отторгла от Сейшел острова Альдабра, Фаркуар, Дерош и некоторые другие. Вместе с архипелагом Чагос они были превращены в "Британскую территорию в Индийском океане.

28 июня 1976 Британия предоставила независимость Сейшелам. В результате выборов большинство в парламенте страны получила Демократическая партия. В июне 1977 в результате вооружённого переворота к власти пришли марксисты — под названием Прогрессивный Фронт народа Сейшельских островов. В республике была установлена однопартийная система, сельскохозяйственные угодья реквизированы у владельцев, были организованы колхозы.

С 1977 года Сейшелами бессменно правил глава ПФ Франс-Альбер Рене. В 1991 году он и его марксистская партия согласились на введение многопартийной системы, на проведение свободных выборов, а также отказались от марксизма. В 2004 году Рене добровольно ушёл с поста президента.