Шеки — один из древнейших городов Кавказа. Полагают, что его название связано с этнонимом племени саков, появившихся в Азербайджане VII веке до нашей эры, и обитавших здесь несколько столетий. В III—V вв. Шеки — область Кавказской Албании В старейшей из деревень Азербайджана — Киш, расположенной около Шеки, находится уникальный памятник старины — древний албанский храм. Он обладает особым статусом среди христианских албанских памятников. Он имеет ценность не только как архитектурный памятник, но и обладает выдающейся исторической ценностью. Официальная дата его закладки — I век нашей эры, время, когда территория Азербайджана входила в Кавказскую часть Албании. Историки предполагают, что храм основал апостол Елисей, принесший в Албанию христианство: «Елисей получив себе в удел восток, направив путь из Иерусалима в Персию, начинает проповедовать с тремя учениками, подвергся гонениям и прибыл в Киш, где устроил церковь и принес бескровную жертву».

Во время расцвета христианской религии на этой территории Храм был очень посещаем. До сих пор Храм поражает воображение своей красотой. Ярко-красная шатровая крыша-шпиль словно «горит» на солнце. На высоком куполе изображен крест. Толстые стены Храма словно украшены маленькими оконцами.

Внутри Храма прохладно даже в самую жаркую погоду, а воздух здесь словно пропитан древностью и будто ощущается Божье присутствие. Все желающие бросают в специальную нишу монетки, загадывая что-то свое. Внутренние стены Храма, к сожалению, облупились и обветшали. Но в одном месте сохранился слой древней штукатурки. Есть поверье, что, если приложенная к этому месту монетка прилипнет, желание сбудется. Внутренний двор Храма тоже представляет интерес. Здесь находится древнее захоронение, накрытое прозрачным пластиковым куполом. Взору предстают лежащие на глубине нескольких метров кости древних людей. Подобных могил на территории храма немало. Судя по всему, здесь погребены служители храма или святые люди, заслужившие право быть похороненными у подножия «дома Бога». Поражают рост погребенных людей (не менее двух метров). Один из немногих сохранившихся древнейший храм Кавказской Албании — церковь святого Елисея в селении Киш, является сегодня памятником многовековой христианской культуры закавказского региона. Еще один христианский храм албанского периода, датируемый VI—VII веками, находится в деревне Орта-Зейзит в окрестностях Шеки.

В 654 захвачена арабами В 656 году Шеки был захвачен войсками арабского Эмира Салмана Ибни Рабия, а в 706 — Мериана Ибни Мухаммеда и безжалостно ими разрушен. После завоевания Азербайджана арабами в VII веке и включения страны в Арабский халифат, Шеки неоднократно попадал в зону 150-летней арабо-хазарской войны. В 813 году, когда в Аране создалось правительство Аран-шахов, Шеки перешел в их подчинение. В IX веке, вследствие ослабления Халифата, город приобрел статус независимого владения. В XI веке он был включен в состав Ширванского государства, а затем последовательно входил в состав Ильханского, Кара-Коюнлу, Ак-Коюнлу, Сефевидского государств. В 985 −1030 годах город подчинила себе династия Шеддади, появившаяся в Барде. В 1118 году город захватили сельджуки. В1396 году город был захвачен и разорен монголами, сыном Тимурленга Мианшахом. В 1402 шекинские войска приняли участие в походе Тимура против турецкого султана Баязида.

Как независимое государственное образование упоминается с конца XIV века. В период династии Кара-Кешиш-Оглы (1444—1551) Шеки была цветущей сельскохозяйственной страной, производившей прекрасный шёлк — основной предмет вывоза. С возвышением государства Сефевидов Шеки, оставаясь в значительной степени самостоятельной, временами признавала его власть Как независимое государственное образование упоминается с конца XIV века. В 1551 шекинские войска были разбиты иранским шахом Тахмаспом, и Шеки утратила независимость. В 1743—1819 годах Шеки — столица независимого [[Шекинское ханство

В 40-х годах XVIII века в Шеки начинают подниматься восстания против жестокой феодальной эксплуатации и иранского гнета, ширится освободительное движение. Это движение возглавил местный феодал Гаджи Челеби Гурбан оглы. В 1743 году Гаджи Челеби с помощью своих приближенных убил подручного Надир-шаха, жестокого правителя Шеки Мелик Наджафа и объявил себя шекинским ханом. В середине XVIII века. на территории Шеки возникло независимое Шекинское ханство. Взбешенный такими действиями, правитель Ирана Надир-шах, чтобы привести в повиновение шекинцев, 1744 году с большой армией напал на Шеки и четыре месяца держал в осаде крепость «Гялярсян — Гёрярсян», где укрылся Гаджи Челеби. По приказу Надир-шаха город был разрушен, поля и сады — уничтожены.

Однако всё это не сломило воли шекинцев, решивших раз и навсегда покончить с иранским гнетом. Надир-шах был вынужден снять осаду крепости и оставить Шеки. Таким образом, появилось первое независимое ханство в Азербайджане — Шекинское ханство. В период властвования Гаджи Челеби (1743 − 1755 гг.) Шекинское ханство было самым могучим среди феодальных государств Азербайджана. После смерти Гаджи Челеби шекинским ханом стал его сын Агакиши-бек(1755 −1760), затем внук Гусейн-хан (1760—1782). В общем, династия Челеби управляла независимым Шекинским ханством 64 года — вплоть до присоединения Азербайджана к России.