В шести километрах от Ялты, возле селения Никита находится одно из достопримечательностей Крыма – Никитский ботанический сад, своеобразный музей живой природы, в котором собраны более 28000 видов растений из разных уголков страны. Сад был заложен в 1812 году близ деревни Никита. Благодаря стараниям директора сада А.И.Базарова (1845-1907) в 1883 году был подготовлен и утверждён проект строительства двухэтажного здания, в котором разместились больница, церковь и квартира священника.

Торжественная закладка здания состоялась в праздник Благовещения 25 марта 1884 году. В присутствии учёных, садоводов, учащихся и рабочих Преосвященным Гермогеном, епископом Таврическим и Симферопольским была отслужена Божественная литургия.

Возведение храма началось быстрыми темпами, но из-за нехватки денежных средств, строительство продолжалось весь 1885 и половину 1886 годов, когда завершились отделочные работы - роспись алтаря и фасада храма. Одновременно со строительством художнику Ефрему Васильевичу Годину заказали 11 икон, которые доставили в храм к 1 января 1885 года. А Святейший Синод передал будущей церкви Богослужебные книги – всего 17 наименований.

Храм освятил 5 февраля 1887 года настоятель Ливадийских церквей архимандрит Епифаний во имя Преображения Господня. Первым настоятелем церкви и учителем Закона Божьего стал отец Василий Иванов.

Построенное здание представляло собой просторную однонефную базилику, с северо-западной стороны к ней примыкал вестибюль, внутри которого располагалась лестница, ведущая на второй этаж, в церковь. На первом этаже устроили больницу, а квартиру священнику пристроили к алтарной стене храма, в виде одноэтажного выступа с балконом. В целом план здания представлял собой удлинённый четырёхконечный крест. Над парадным крыльцом, ведущим в вестибюль, расположили небольшую звонницу с двускатной крышей и крестом, венчающим главку-маковку. Над вестибюлем, на барабане, украшенном кокошниками, возвышался небольшой купол с восьмиконечным крестом. Большие арочные окна были оформлены каменными наличниками из широких лучей, заканчивающихся с двух сторон резными по камню равноконечными крестами. Между окнами были устроены неглубокие ниши, в которых находились узорчатые чугунные кресты, один из которых обнаружили в 1993 году, когда стены освобождали от разросшегося плюща.

В стенах вестибюля на втором этаже прорезали окна меньших размеров, их украсили наличниками-кокошниками, а на первом этаже – прямоугольные окна с наличниками из чередующихся кирпичных и белых лучей. С двух сторон от входа в неглубоких нишах на фресках изображены узорчатые византийские кресты, а над входом в круге – равноконечный крест.

Летом 1887 года на колокольню подняли два колокола, которые были изготовлены на литейном заводе Н.Д.Финляндского в Москве.

Никитской церкви была отведена важная роль в торжественных мероприятиях по случаю празднования столетия Сада в 1912 году. Настоятелем церкви отцом Романом Крыловым была отслужена Божественная литургия. После которой все присутствующие крестным ходом отправились в Нижний парк, где совершили молебен. Отец Роман был награждён орденом Святой Анны III степени.

После революционных событий Никитский ботанический сад был преобразован в «Совхоз Никитский ботанический сад». Однако богослужения в храме продолжались до 1920 года. Затем прихожане создали Православное религиозное общество и обратились к местным властям с просьбой передать им церковь в безвозмездное пользование. По договору они обязаны были сами содержать, ремонтировать, отапливать храм, сохранять церковное имущество. Священнослужителя к тому времени в храме уже не было, поэтому его обязанности выполнял рабочий Иннокентий Черняков.

Но уже в 1927 году храм был закрыт. Его попытались переделать: разрушили купол и звонницу, сбросили кресты и колокола. Однако Лик Спаса Нерукотворного над входом был снят кем-то из верующих, перевернут лицом к кресту, закрыт жестью и закрашен под цвет стены.

В течении долгих лет здание использовали как склад, магазин, научную лабораторию, дом культуры с кинотеатром. Не сохранились ни внутренние росписи, ни иконостас, ни иконы. Прекрасный зал с большими окнами и хорошей акустикой превратили в тёмное помещение: заложили окна, уменьшили высоту потолка искусственными плитами, которые поглощали все звуки. Внешне стены густо заплел крымский плющ. Когда в 80-х годах здание начало разрушаться, его превратили в склад, куда свозили всякий ненужный мусор.

В 1991 году жители Никиты организовали Свято-Преображенскую общину Украинской православной Церкви Московского Патриархата. Они заключили с Никитским ботаническим садом договор об аренде здания бывшей больницы и церкви и начали ремонт. Всего за месяц, к 19 августа 1992 года привели в порядок большой зал первого этажа. В день Преображения Господня здание освятили, поставили иконы, стали служить молебны. Отец Виктор Евсютин, назначенный настоятелем Никитской церкви 11 декабря 1992 г., по воскресеньям служил молебен, крестил, венчал, исповедовал прихожан, отпевал усопших.

7 апреля 1993 года освятили престол в алтаре и отслужили первую Божественную литургию. Вскоре началось восстановление иконостаса, вновь построили звонницу, на которую подняли колокол.

В престольный праздник 19 августа 1993 года Божественную литургию в церкви служил Преосвященнейший Лазарь, архиепископ Симферопольский и Крымский.