Это первый храм города Ялты. После присоединения Крыма к России в 1783 году Ялта представляла собой маленькую рыбацкую деревушку. По сведениям 1800 года в ней насчитывали 13 деревянных домиков и военный гарнизон, сооружённый ещё А.В.Суворовым в 1771году.

В 1823 году генерал-губернатор Новороссийского края, к которому относилась и Таврида, граф М.С.Воронцов начал создавать в этих местах богатый курортный край, своеобразную русскую Ривьеру. В Ялте граф раздал 200 десятин земли, обязав её владельцев заниматься садоводством, земледелием и строительством. Для того, чтобы строительство шло успешнее и быстрее, по инициативе графа Воронцова начали прокладывать шоссе, соединившее Южный берег с Симферополем, а затем с Севастополем.

Особое внимание администрация Таврической губернии уделяла строительству новых храмов. В 1832 году в губернском правлении были разработаны уездными архитекторами проекты церквей с определением смет на их постройку. Однако граф Воронцов не утвердил их, сочтя недостаточными. Как опытный предприниматель он понимал, что для развития Южного берега Крыма потребуются немалые денежные средства, а привлечь их можно лишь при личном участии российского императора Николая II.

Поэтому в скором времени граф Воронцов обратился к знаменитому зодчему И.Торичелли, который работал в Одессе, с предложением разработать проекты новых церквей. В 1833 году составленные архитектором планы, фасады и сметы были направлены на рассмотрение Николаю II и удостоены высочайшего утверждения.

Колокольня церкви Иоанна Златоуста на Поликуровском холме стала первым каменным зданием Ялты. Торжественное освящение собора во имя святителя Иоанна Златоуста, архиепископа Константинопольского, состоялось в 1837 году. Божественную литургию совершил архиепископ Херсонский и Таврический Гавриил. При освящении храма присутствовали император Николай II и императрица Александра Фёдоровна. На следующий день, 17 сентября 1837 года, последовал высочайший указ о присвоении Ялте статуса города.

Собор стал настоящим украшением молодой Ялты. Его построили из местного камня бута, стены оштукатурили и окрасили в светлые тона, венчали собор четыре позолоченных купола.

В храм вели четыре двери, 21 окно освещало его. Высота колокольни достигала 45 метров над уровнем моря, она, верно, отовсюду была видна в строящемся городе.

С течением времени вокруг храма возникло городское кладбище, где похоронены многие выдающиеся личности. Среди них покоятся первый архитектор южного берега – К.И.Эшлиман, родоночальник отечественной кинематографии – А.А.Ханжонков, основоположник лечения климатом , поэт – С.В.Руданский и многие другие. Теперь здесь создан мемориальный некрополь.

В 1883 году герой Крымской компании барон Андрей Львович Врангель предложил расширить церковь, пристроив предел во имя своего небесного покровителя святого апостола Андрея Первозванного. Новый предел был освящен в октябре 1883 года епископом Таврическим и симферопольским Гермагеном. Церкви к тому времени требовался ремонт: начали разрушаться купола. В 1894 году по проекту городского архитектора Н.П.Краснова (1864-1939) четыре прежних луковичных купола были разобраны и сведены в один шатровый купол византийского стиля. Под руководством Краснова были построены церковно-приходская школа, расположенная на улице Толстого дом 10, и часовня святителя Николая Мирликийского. Оба здания стали принадлежать Свято-Иоанна-Златоустовской приходской общине.

Настоятелями храма были протоиерей Григорий Брюховский, протоиерей Александр Терновский, протоиерей Дмитрий Михайлович Киранов, причисленный к лику святых в 2000году. Он стал настоятелем собора в 1928 году.

В начале Великой Отечественной войны храм сгорел, Обгоревшие стены разобрали после войны. Сохранилась только колокольня, ставшая «визиткой» Ялты. Её использовали в качестве навигационного знака, она занесена во все лоции мира.

В 1994 году с благословения Владыки Лазаря. Архиепископа Симферопольского и Крымского начались работы по изысканию средств, проектировке и строительству храма. Большая часть работы легла на плечи настоятеля храма отца Владислава Шмидта. На добровольные пожертвования ялтинцев и был восстановлен храм по проекту А.Петровой, который она выполнила по сохранившимся чертежам. Верующие принесли в дар семейные реликвии. Храм во имя святого Иоанна Златоуста был торжественно освящен в 1998 году в день памяти святого. Божественную литургию возглавил архиепископ Симферопольский и Крымский Лазарь. К праздничному звону колоколов присоединился голос старинного расколовшегося колокола, найденного прихожанами и принесенного в храм.