Культовые сооружения города неповторимы своим обликом, судьбой и исторической памятью, связанной с каждым старинным храмом.

Баку с его "вечными огнями" издревле был одним из центров зороастризма. Культовые сооружения огнепоклонников располагались как в старой бакинской крепости, так и в окрестностях города. Существует версия, что один из символов города - Девичья башня, первоначально строилась как зороастрийское культовое сооружение. Храм огнепоклонников Атешгях сохранился до наших дней в селении Сураханы близ Баку.

Исламские культовые сооружения старого Баку представлены небольшими квартальными и крупными соборными мечетями. В Баку существовала традиция возводить мечети, как правило, на фундаментах более древнего сооружения. Иногда под мечеть приспосабливались здания других культов, в частности зороастрийские храмы. Окруженный крепостными стенами старый Баку был разделен на небольшие кварталы. Каждый квартал располагал собственными мечетями и часто кварталы именовались по расположенным на них мечетям. Некоторые старые квартальные мечети сохранились до наших дней - Гилейли мечеть (1308 г.), Чин мечеть (1375 г.), мечеть Молла Ахмеда (XIV в.), мечеть Шейха Ибрагима (1415 г.), мечеть Мирза Ахмеда (1347 г.), Лезги мечеть (1169 г.) и другие, а наиболее ранним датированным культом является расположенная в старой бакинской крепости мечеть Мухаммада ибн Абу-Бакра, которая построена в 1078 году. Из крупных мечетей, возведенных в средние века, следует отметить дворцовую мечеть, мечеть Кей-Кубада, расположенные на территории Дворца Ширваншахов, мечеть Биби-Эйбат, а также Джума мечеть.

Бурно развивающаяся нефтепромышленность на переломе XIX и XX веков, превратили Баку в один из крупнейших городов России. Численность населения города резко увеличилась, причем за счет приезжих со всех концов Российской империи и Западной Европы. Поэтому в Баку начала XX века количество коренных жителей Азербайджана едва дотягивало до 40%. Остальное приходилось на долю русских, евреев, армян, немцев, итальянцев, поляков и др. Конфессиональный состав города тоже был весьма пестрым. Например, в 1913 году население Баку составляло 214673 человека, из них мусульман насчитывалось 76965 человек, православных - 76927 человек, лютеран 3800 человек, католиков 2902 человека, старообрядцев - 262 и т.п. Наряду с крупными мусульманскими мечетями, в Баку начали строиться культовые сооружения и других религий. За очень короткий период времени на вновь осваиваемых территориях города были возведены православный собор Александра Невского, лютеранская кирха, католический костел, григорианская церковь и еврейская синагога. Помимо насаждаемой имперской политики по "растворению" мусульман, все это свидетельствует также об интернационализме и высочайшем уровне веротерпимости Баку и бакинцев.

На рубеже XIX-XX веков началось строительство крупных мечетей вне крепостных стен, которое велось в основном частными лицами. В это время возводятся такие мечети как Джума мечеть, Бекская мечеть, Таза-Пир, мечеть Касым-бека, мечеть Иттифак, мечеть Хаджи Солтан-Али и др.

В старом Баку имелось немало православных церквей. Главные церкви города принято именовать собором. В Баку собором именовались два православных храма - Николаевский, первый крупный православный храм города и грандиозный Александро-Невский. Кроме того, действовали приходские церкви, флотская, портовая, полковая, батальонные, железнодорожные, церкви в учебных и других заведениях города.

Из других культовых сооружений следует отметить польский католический костел св.Марии и немецкую лютеранскую кирху. Еще одна кирха была построена в 1901 году на улице Станиславского (ныне проспект Азадлыг). Сейчас в ней располагается кинотеатр "Шафаг". В городе было также несколько армянских церквей. Одна из них находилась в Ичери Шехере, другая располагалась на Парапете. Третья, построенная армянским богачом Будаговым, стояла на месте нынешней Консерватории. Строились в Баку и еврейские синагоги. В здании одной из них ныне расположен Театр Песни им.Р.Бейбутова.

С установлением советской власти религия была объявлена «опиумом для народа». Начались гонения и истребление духовенства всех традиционных религий, уничтожение храмов. Так в 1930-е годы были взорваны Биби-Эйбатская мечеть, собор Александра Невского, католический костел и другие храмы. Многие культовые сооружения стали использоваться не по назначению (как музеи, складские помещения), что впрочем, позволило им дожить до наших дней. В 1989 году по всему Азербайджану осталось лишь 36 действующих мечетей. Это в 50 раз меньше, чем их было до установления советской власти, когда только в Баку функционировало около 40 мечетей.

После обретения Азербайджаном независимости часть сохранившихся культовых сооружений были переданы верующим, началось строительство новых. Всего за последние годы в Азербайджане построено и реставрировано около 1200 мечетей. В Баку наряду со старыми мечетями стали функционировать вновь возведенные мечеть Шехидлер, мечеть Абу-Бекр, Биби-Эйбатовская мечеть и др. В городе также действуют три православные церкви и три синагоги.