В Праге находится несколько университетов и колледжей, включая старейший университет Центральной и Восточной Европы.

Карлов университет в Праге является старейшим и крупнейшим университетом в современной Чешской республике. Он был основан в конце 1340 годов, так что это один из старейших университетов в Европе и первый университет в Центральной Европе. Его печать изображает Карла, коленопреклоненного перед Святым Венцекласом, окруженного надписью «Sigillum Universitatis Scolarium Studii Pragensi»s (Печать Пражской академии). Согласно недавнему тестированию международных университетов, он является ведущим университетом не только в Чехии, но и во всей Центральной Европе, наряду с Жегедским университетом в Венгрии, в плане качества научных исследований, приведших к Нобелевской премии.

Чешский технический университет в Праге (České vysoké učení technické v Praze, ČVUT) – один из крупнейших университетов Чешской республики и один из старейших технических университетов в Центральной Европе.

Институт химических технологий в Праге (Vysoká škola chemicko-technologická, VŠCHT) это крупнейший университет, специализирующийся на химии в Чешской республике. Он был основан в 1952 году, и с тех пор является одним из самых видных исследовательских центров в центральной Европе. Каждый год сюда поступает около 2 тысяч студентов.

Чешский университет агрикультурных наук (Česká zemědělská univerzita v Praze, ČZU) был основан в 1906 году. Основа сельскохозяйственного образования в Чехии уходит корнями в бывшую Австрийскую империю, прекратившую свое существование около двух столетий назад. В 1788 году департамент сельского хозяйства был основан при Пражском университете. Первые профессоры были пионерами агрикультурного образования. В 1812 курсы читались в чешских штатах, а с 1845 года молодежь уже могла получать специализированное образование в этой сфере.

Университет экономики в Праге (Vysoká škola ekonomická v Praze, аббревиатура VŠE) имеет давние корни, хотя официальное название он приобрел чуть более пятидесяти лет назад. В 1919 году Vysoká škola obchodní (коммерческий колледж) был основан, как подразделение Чешского технического университета. Он специализировался на торговле, банковском деле и организации промышленных фирм. В 1949 году университет политических и экономических наук вырос из коммерческого колледжа. В 1953 году это учреждение было переименовано в университет экономики.