Существует множество точек зрения на то, когда же все-таки высшее образование начало свое развитие в Чехии. Большинство источников приводит 1348 год, когда по указу римского императора Карла IV в Праге был открыт Карлов университет (так он был назван позже). Хотя ученые мужи вели лекции своим малочисленным группам еще до этой даты, создание университета с 4 факультетами (юридический, свободного искусства, теологический, медицинский) являлось решающим шагом. Высшее образование многие годы было доступно только избранным.

Но один университет не мог обеспечить весь регион достаточной базой, поэтому в 1566 году было положено начало новому университету в г. Оломоуц, который позднее получил имя Франтишека Палацкого.

В более поздние века открывались новые университеты, новые профили, отвечающие времени. Среди них можно отметить Чешский технический университет, открытый в 1707 году или Академию изящных искусств.

Уже в начале 20 века высшее образование стало практически общедоступным, возникали новые учебные заведения, все больше и больше академических коллективов собиралось в Праге и других чешских городах.

Во время Второй мировой войны немецкие оккупанты закрыли все вузы в Чехословакии, и только в 1945 году школы снова открыли свои двери студентам. Этот перерыв стал толчком для появления еще нескольких важных вузов современной Чехии.

После 1948 года, когда к власти в Чехословакии приходят коммунисты и страна попадает под контроль советского порядка, на высшее образование, его программы и профессоров, осуществлялось постоянное идеологическое давление. Но традиции классического образования не пропали за более чем 40 лет, они лишь получили новые стимулы развиваться и утверждаться в мировом образовательном сообществе.

В 1999 году в чешском образовании произошли сразу 2 важных изменения: законом была отменена оплата за обучение в гос. вузах для иностранных граждан; первые частные вузы получили лицензии на обучение студентов по академическим программам.