Основан предположительно в VIII IX вв., достраивался в XIV XV вв. Согласно церковному преданию, отдельные крипты были вырублены в скале в первые века христианства. В 98 г. сюда, на каторжные работы в каменоломне, был сослан и проповедовал св, сщмч, Климент, папа Римский, ученик апостола Петра.

Согласно церковному преданию, трудами св. Климента и его учеников в Крыму было устроено до 75 храмов. Пещерная церковь во имя св, Ап, Андрея Первозванного, по преданию, вырублена самим св, Климентом.

В 1779 г, произошло выселение христиан из Крыма, и монастырь пришел в запустение. В1787 г. его посетили Екатерина II и сопровождавшие ее иностранные августейшие особы. 15 апреля 1850 г. с Высочайшего соизволения, указом Святейшего Синода, по ходатайству архиепископа Херсонского и Таврического Иннокентия, Инкерманский монастырь был возобновлен и освящен во имя св. Климента. Во время войны 1854-55 гг., обитель сильно пострадала в ходе Инкерманского сражения 24 октября 1854 г. В 60-х годах XIX в, под покровительством Таврического епископа Алексия, трудами настоятеля иеромонаха Ефрема, на средства И.И.Четверикова и Мелюшина и под руководством художника Имераторской Академии Д.М. Струкова были отреставрированы древние храмы, построен дом настоятеля с домовой церковью (освящена 13 августа 1867 г. во имя св, Троицы).

Пещерный храм во имя св. Мартина Исповедника в Инкермане. Пещерная церковь во имя св. Мартина Исповедника, святителя Римского. Он был сослан в Херсонес монофелитами и скончался в 655 г. Храм был перепланирован в 1867 г. В 1895 г., в память о спасении царской семьи в железнодорожной катастрофе у ст. Порки 17 октября 1888 г., построен и освящен храм во имя св. вмч. и целителя Пантелеймона. На плато монастырской скалы в 1905 г. был построен храмы во имя св. Николая Чудотворца Мирликийского.

Начиная с 1924 г, монастырские храмы постепенно закрывали. 15 декабря 1931 г. были закрыты пещерные храмы, а их имущество передано Севастопольскому Музейному объединению. Еще в 70-х годах в бывшей монастырской гостинице жили люди, а над неохраняемой и оскверненной обителью глумились воинствующие атеисты. Так, пещерный храм во имя св. Климента, выдержавший превратности времен, лишился украшавших его колонн по прихоти заезжих киношников.

В 1991 г. трудами архимандрита Августина, при епископе Симферопольском и Крымском Василии, Инкерманский монастырь был возобновлен. Начали проводиться реставрационные работы. В настоящее время восстанавливается храм св. Троицы. В пещ. храме во имя св. Климента хранится частица мощей от его честной главы, сопровожденная в монастырь по благословению Блаженнейшего Владимира, митрополита Киевского и Вcея Украины.