Многие районы Египта вообще лишены почвенного покрова, особенно западные, где господствуют подвижные и полузакрепленные пески и каменистые поверхности. Там, где выпадают осадки и имеются условия для произрастания скудной растительности, формируются скелетные почвы. Из наиболее развитых типов почв выделяют следующие: желто-бурые пустынные, такыровидные сероземы, такыры, солончаки, средиземноморские пустынно-степные, а в дельте Нила - болотные и болотно-луговые. По берегам Нила развиты наиболее плодородные аллювиальные почвы.

Вследствие аридных климатических условий большая часть Египта лишена естественного растительного покрова. Местами в пустынях во время зимних дождей появляются эфемеры (маки, лютики, ирисы). Полупустынная и пустынная растительность включает злаки, ксерофильные кустарники, акации. В Средиземноморье флора более богата (ковыль, верблюжья колючка, степной лук, астрагал, шиповник и др.).

В дельте Нила и в его долине по берегам водоемов произрастает папирус, встречаются финиковые и другие виды пальм, гребенщик (тамарикс), олеандр, сикомор (смоковница) и др. Естественная растительность в долине Нила и в оазисах вытеснена культурной (зерновыми, хлопком, плантациями финиковой пальмы).

Животный мир Египта беден. Наиболее разнообразна лишь фауна птиц, как гнездящихся, так и прилетающих на зимовку из Европы (аисты, цапли, пеликаны, гуси, утки, фламинго, бакланы). Из хищных птиц водятся грифы, соколы, сарычи.

В пустынях много пресмыкающихся (змеи - египетская кобра, змея Клеопатры, песчаные змеи, эфа, гюрза; ящерицы - вараны, гекконы, агамы) и насекомых. Из млекопитающих встречаются гиена, шакал, кабан, лиса, мангуст, летучие мыши, мелкие грызуны. В заповеднике Катерин на Синайском полуострове водятся песчаная газель и синайский леопард. В заповеднике Вади-Ришраш под охраной находится нубийский козерог. Воды Нила богаты рыбой (нильский окунь, тигровая рыба, сом и др.).

Египет - страна древнего скотоводства. Крестьяне разводят верблюдов, ослов, крупный рогатый скот, овец и лошадей.